از ویژگی‌های آثار مرحوم حاج سید احمد زنجانی، که باعث تمایز ایشان از دیگر نویسندگان شده، ذوق و ابتکار ایشان در ابداع اسلوب‌های جدید برای تألیف مباحث و تلاش برای پیگیری مسائل از زاویه نگاه جدید و متفاوت از دیگران است. یکی از آثار بدیع مرحوم آیت الله زنجانی رساله‌ی «مستثنیات الأحکام» است. ایشان در این رساله، به بررسی مستثنیات احکام از ابتدای باب طهارت تا انتهای باب دیات پرداخته‌اند.

مرحوم سید احمد زنجانی در مقدمه‌ی اثر خود، هدف را از تألیف چنین بیان می‌کنند: «غالباً از مستثنیات احکام چشم‌پوشی می‌شود، چرا که معمولاً ذهن به سراغ قاعده کلّی رفته و نسبت به استثنائات غافل می‌ماند. تا جایی که حتی برای بسیاری از متخصّصان در فنّ فقاهت نیز اتفاق افتاده است که در مواردی به کلیّتِ یک قاعده تمسّک نموده‌اند، در حالی که خروج آن مورد از قاعده از ضروریات فقه است. همین مسئله باعث شد تا رساله‌ای مستقل در باب استثنائات احکام تألیف نمایم.»

بنای مرحوم آیت الله سید احمد زنجانی در این اثر، بیان مواردی نیست که استثناء آن‌ها از باب اضطرار و امثال آن بوده است. خود ایشان نیز در لابه‌لای کلماتشان به این موضوع اشاره دارند؛ چنانچه در بعضی از نسخه‌های مستثنیات در حاشیه‌ی برخی از مسائل نوشته‌اند: «زائد»؛ و در تعلیل این کلام گفته‌اند که این مورد از فروع اضطرار است و بنای ما بر استثناء کردن این دسته از احکام نیست.

آن مرحوم، پس از تألیف رساله‌ی «مستثنیات الاحکام»، شرحی مزجی را بر این رساله با عنوان «مستنبطات الأعلام فی شرح مستثنیات الاحکام» به رشته تحریر درآوردند و در گام اوّل، ۵۲۸ مسأله را شرح نمودند. در گام بعدی، ایشان تمام تلاش خود را در راه تکمیل، تنقیح و تحریر مجدّد کتاب متمرکز نموده و مسائل بیش‌تری را به آن اضافه نمودند که تعداد آن به ۶۵۶ مسأله رسیده است. ضمن آن که مؤلّف، در نسخه‌ی آخر این کتاب که در سال ۱۳۷۲ھ.ق به سرانجام رسید، بعضی از استدلال‌ها را نیز نسبت به برخی از مسائل تغییر داده‌اند.

نکته قابل ذکر آن که کتاب «المستثنیات الاحکام» غیر از این شرح، شرح دیگری نیز دارد که توسط مرحوم سید محمد بن رضی حسینی شبستری، معروف به سید محمد وحیدی در سال ۱۳۷۱ھ.ق تألیف و با عنوان «مستمسکات الاحکام فی شرح مستثنیات الاحکام» به زیور طبع، آراسته شده است. ایشان در مقدّمه شرح خود، می‌گویند: «پیش از ایشان کسی چنین اثری را تألیف نکرده است».